In deze zaak moest de raad besluiten of hij een verklaring van geen bedenkingen wilde verlenen voor het bouwen van een nieuwe varkensstal voor 1500 vleesvarkens. Deze verklaring van geen bedenkingen verleent de raad indien hij van oordeel is dat een ontwikkeling planologisch aanvaardbaar is en er dus sprake is van een goede ruimtelijke ordening. Na afgifte van de verklaring van geen bedenkingen kan het college de vergunning verlenen. In deze kwestie moest de raad in het bijzonder besluiten over de gevolgen van ammoniakemissie en stikstofuitstoot van de te vergunnen stal. De raad achtte bij het besluit over de planologische aanvaardbaarheid vervolgens van belang dat er voor de stal een natuurvergunning was verleend, waarmee sprake was van een afname van de stikstofdepositie ten opzichte van een eerder natuurvergunde situatie. De raad kwam derhalve tot de conclusie dat het project planologisch aanvaardbaar is en gaf een verklaring van geen bedenkingen af. De Afdeling oordeelde dat de raad de verklaring van geen bedenkingen met deze motivering had mogen verlenen.
De raad mag dus bij het besluit om al dan niet over te gaan tot afgifte van een verklaring van geen bedenkingen leunen op het feit dat er een natuurvergunning is verleend. Echter, het feit dat voor een ontwikkeling een natuurvergunning is verleend, betekent niet dat de planologische aanvaardbaarheid per definitie is gegeven. Zo is er een uitspraak van de Afdeling waarin wordt geoordeeld dat de raad in redelijkheid mocht oordelen dat een ontwikkeling zou leiden tot een te grote aantasting van bijvoorbeeld de aanwezige natuur- en landschapswaarden, ondanks dat de ontwikkeling volgens de natuurwetgeving wel toegestaan was. Bovendien blijkt uit een andere uitspraak van de Afdeling van 23 december 2020 dat de raad strengere normen mag hanteren dan de normen uit de Wet natuurbescherming bij haar planologische beoordeling, mits de raad dit oordeel deugdelijk onderbouwt. Het oordeel dat een ontwikkeling planologisch niet aanvaardbaar is ondanks een reeds verleende natuurvergunning is dus toegestaan, mits het hanteren van deze strengere norm wordt onderbouwd.
De vraag die opkomt is of de gemeenteraad sowieso wel kan volstaan met een verwijzing naar de natuurvergunning bij het besluit dat een ontwikkeling planologisch aanvaardbaar is. Immers, de toetsingskaders van de Wet natuurbescherming en de Wet ruimtelijke ordening verschillen van elkaar. In het natuurspoor worden de gevolgen van de ontwikkeling op Natura 2000-gebieden getoetst, terwijl in het planologische spoor in bredere zin de gevolgen voor de ruimtelijke ordening, waaronder de gevolgen voor het woon- en leefklimaat van omwonenden, worden beoordeeld. Het is daarom voorstelbaar dat van de raad verwacht wordt een specifieke afweging te maken over de ruimtelijke aanvaardbaarheid van een ontwikkeling, zeker als er meer dan alleen natuuraspecten een rol (kunnen) spelen.
